Сегодня ВСЕГЕИ представляет собой научный коллектив, в составе которого трудятся 2 члена-корреспондента Российской Академии наук, 56 докторов и 169 кандидатов наук. Институт решает крупные научные и практические проблемы по следующим научным направлениям: создание научно-методических основ Государственного геологического картирования (Госгеолкарт масштаба 1 : 200 000 и 1:1000000 третьего поколения) в качестве фундамента для выявления закономерностей размещения полезных ископаемых и оптимального выбора направлений поисковых работ; комплексное геологическое картографирование территории, акватории и шельфа России и оценка их экологической безопасности. В новую фазу развития вступают металлогенические исследования, вооруженные космофотогеологическими, геоморфологическими, палеогидрогеологическими и прочими методами, комплексное применение которых позволяет установить закономерности размещения месторождений.
Важнейшей особенностью деятельности ВСЕГЕИ является тесная связь его исследований с решениями крупных практических задач. Около трехсот сотрудников Геолкома ВСЕГЕИ дали научно обоснованный прогноз, открыли и впервые описали более 600 месторождений рудных районов и провинций на четырех континентах Земли.
Залогом эффективной работы института является научный потенциал и ценный опыт школ Геолкома ВСЕГЕИ. Выделяются три научные школы, признанные не только в нашей стране, но и за рубежом: региональной геологии и геологической картографии, палеонтолого-стратиграфическая и металлогеническая. Институт нередко был инициатором использования передовых методов и разработок в своих исследованиях. Так, в последние годы разрабатывается системный подход и концепция уровней организации геологических объектов, позволяющие интегрировать различные аспекты геосистем; аргументировано реконструируются геологические условия прошлых эпох; на вооружение поступают новые методы исследования математические, космогеологические, палеогеодинамические и др.
Институт располагает мощной лабораторной службой, использующей современные методы исследований. Таким образом, современный ВСЕГЕИ это новейшие технологии и столетние традиции.